马应龙及旗下子公司分别通过了国家药监局GMP、GSP质量管理规范体系认证，获得国际机构SGS颁发的环境管理体系ISO14000和职业安全与健康管理体系OHSAS18000的认证，在医药行业内率先实现了“三认证”。在世界品牌实验室、世界经理人周刊联合评估的2010年“中国具价值品牌500强”排行榜中，马应龙名列第210位，品牌价值达到了43.21亿元。2005年，马应龙在人民日报、中国企业文化促进会、中国质量与品牌杂志社等六家公共传媒的联合评选中荣获“中国痔疮药物具影响力品牌”。2006年，马应龙荣获国家工商总局认定的“中国商标”，成为中国治痔领域的“中国商标”。2009年，马应龙被中国非处方药物协会评选为“中国非处方药品牌企业十五强”。

公司生产功能齐全，可生产剂型超过30种，可供生产的国药准字号药品超过300种，拥有品种20多个，共有18个国药准字号品种入选《国家基本药物目录》，37个品种入选《国家医保目录》，其中马应龙麝香痔疮膏、麝香痔疮栓、龙珠软膏、马应龙八宝眼膏为公司产品。生产设施先进，主要品种生产流水线及配套设施的技术水平已处于国内水平。

公司围绕核心定位，开展系列化药品研发。目前，在销肛肠治痔系列产品达到7个品种，在研治痔项目3个，涵盖膏剂、栓剂、西药口服片剂、中药口服片剂、洗剂、胶囊剂、乳膏凝胶剂、气雾剂、散剂、颗粒剂等多种剂型，立项在研肛肠治痔类品种6种，其他在研项目8个。公司还开发出系列化眼部护理药妆产品，积极进军药妆市场，目前在研项目11个。

公司现有一支人员配备齐整、结构合理、优势互补的技术团队，并有一批从事药物合成、中药提取、制药工程和药理毒理及临床试验评价等方面研究的学科带头人。公司与北京大学药学院、中国药科大学等多家科研机构建立了长期的战略合作关系。经国家人事部核准公司与北京大学共同组建了博士后工作站。2009年，马应龙药业集团股份有限公司技术中心被国家发改委、科技部等五部委认定为企业技术中心，马应龙创新药物研发团队被湖北省委组织部认定为首批“湖北省重点产业创新团队”。