加盟连锁与直营连锁，较大的不同之处是投资的方式。直营连锁总部和直营店所需的全部资金，都由总部的股东全数投资，或控股、参股。但加盟连锁，所需的全部资金，都由加盟者来投资，加盟者来经营，加盟者来管理，形成决策权和经营管理权分离的企业治理结构。
总部把知名的品牌、优秀的专业人士、成功的经验、累积的经营诀窍，转移或授权给加盟者，对较无行业经验的加盟者行使决策权，降低经营过程中的较大风险。加盟者就是加盟连锁店的老板，他熟悉当地的地缘关系，熟悉当地的风土人情，熟悉当地的顾客消费习惯，他投入全部资金，负担全部风险，自然就会全心全意经营属于他的连锁店。这种优势互补、强强联合的连锁模式，自20世纪50年代开始风靡美国，尤其以快餐业最为典型。
加盟连锁的成功，最主要的因素是选择正确的加盟者。加盟连锁总部，在选择加盟者时，为了基本运营，往往会选择财力雄厚的加盟者，因为这些加盟者筹集投资费用时比较容易，但这些加盟者如果已经累了较雄厚的资金实力，表示他另有经营实体，往往难以全心投入于加盟店务的经营与管理。
某些连锁总部通常也会考虑选择有本行业经验的加盟者，但是这些经验往往成为总部对加盟者管理和辅导的较大矛盾。加盟连锁，成功的因素既然是总部与加盟者的优势互补，所以加盟连锁总部，应该充分评估加盟者的资源，是否与总部互为补充。加盟者选择一个加盟连锁总部，或依赖加盟连锁总部去创业，也应该仔细评估加盟连锁总部的优势是否与其相辅相成。
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