小三峡纸上烤鱼的起源有诸多种说法，传播为广泛的要属起源于三国的诸葛亮一说，相传当时隐居琅琊县的诸葛亮爱吃的一道菜是烤鱼，这种烤鱼其用料和做法与一般的烤鱼多有差异，别具特色。诸葛亮每备有家宴时，常邀几位好友共品 烤鱼美味。后来，诸葛亮分开隆中，辅佐刘备打天下；刘备成都称帝后，诸葛亮又将其推荐至宫中，这种烤鱼岂但诸葛 亮百吃不厌，刘备、关羽等人也很青睐吃，成了御宴上一道不可缺少的美食。赤壁之战的时候，鲁肃前去与刘备相 商联吴抗曹之事，刘备用这烤鱼招待他。鲁肃从未吃过这样独一无二美味的烤鱼，遂问刘备，这烤鱼叫什么名字。刘备大笑 ，说这道菜是诸葛先生发明的，还没有名字呢？鲁肃思索过后说到，既然是诸葛先生创出的美味，就叫“诸葛烤鱼”吧 。诸葛亮在一旁听着，觉得不妥。解释道：这道菜还是我在隆中当山野小三峡纸上的时候，吸收乡民烤鱼技术，总结出来的做 法，称它为“小三峡纸上烤鱼”更为适宜吧。所以“诸葛烤鱼”又有“小三峡纸上烤鱼”一说。
小三峡纸上烤鱼每家餐厅每年销售数万条烤鱼，为确保出品质量，公司特意建设了大型的洽购配送中心，有完整的标准化制度和操作流程，每一个环节都有严苛标准。同时按期对原物料产地进行实地调查，挑选优质的活水养殖鱼类，对每一项食材都严格筛选把关。
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